紫外線殺菌原理說起來也并沒有那么復雜，但實際操作也沒那么簡單。在地球上所有已知的生命形式，都是以DNA及RNA作為繁殖、遺存的基礎。當細胞繁殖時，DNA中的長鏈打開，打開后每條長鏈長的A單元會尋找T單元結合，而且每條長鏈都可復制出與剛分離的另一條長鏈同樣的鏈條，恢復原來分裂前的完整DNA，成為新生細胞的基礎。
波長在240-270nm的紫外線（C波段紫外線）直接照射時能打破DNA生產蛋白質及復制的能力。細菌病毒的DNA,RNA受破壞后其生產蛋白質的能力和繁殖能力均已喪失，因細菌，病毒一般生命周期很短，不能繁殖的細菌，病毒就會迅速死亡。
